W Czorsztynie pierwszymi ofiarami eksterminacji niemieckiej byli Drohojowscy: ojciec Stanisław i jego syn Adam. Po powołaniu w Nowym Targu cywilnych władz okupacyjnych w jesieni 1939 roku Stanisław Drohojowski zgodził się na przedłużenie kadencji wójta Gminy Czorsztyn, którą piastował w latach 1935-1938. Jak mówił objął tą funkcję „bo może będzie można ludziom pomóc” i został mianowany „komisarycznym wójtem Gminy Czorsztyn”.
„Jednak już w marcu 1940 roku na skutek denuncjacji sąsiada, został wraz z żoną Marią i synem Adamem aresztowany przez gestapo za posiadanie broni i radia. W trakcie śledztwa prowadzonego w Szczawnicy, Nowym Targu i Tarnowie, nie pomogły wyjaśnienia o posiadaniu przezeń pozwolenia na broń, wydanego przez komendanta Grenzschutzu z racji przechowywania w jego mieszkaniu kasy gminnej” – pisze w książce „Czorsztyn był i jest Stanisław Kostka Michalczuk.
Obaj Drohojowscy – Stanisław i Adam zostali wywiezieni do obozu KL Auchswitz, gdzie zginęli w odstępie kilku miesięcy. „Dwudziestoczteroletni Adam, jeszcze przed rokiem student Politechniki Lwowskiej, z obozowym numerem 497 zmarł na tyfus 23 grudnia 1940 r. Stanisław Drohojowski, z numerem 499, zmarł – również w obozowym szpitalu – 13 marca 1941 r. Usilne starania pozostałych w Czorsztynie córek sprawiły, iż otrzymały one urny z prochami obu zmarłych. Pogrzeb obu panów Drohojowskich odbył się w Sromowcach Wyżnych dopiero w 1946 r. Urny z prochami złożono w grobowcu Marcelego Drohojowskiego” – wspomina w swojej książce Stanisław Kostka Michalczuk.
W tym samym czasie co Stanisław i Adam Drohojowscy trafili do obozu koncentracyjnego w Auchswitz do obozu koncentracyjnego Ravensbrick trafiła żona Stanisława Maria. Dzięki okupowi jaki za pośrednictwem volksdeutscha z Krakowa został przekazany przez córki Niemcom została zwolniona z obozu i szczęśliwie powróciła do Czorsztyna 24 lipca 1941roku.
Córki Drohojowskich Anna i Teresa przez cały okres okupacji angażowały się w akcje konspiracyjne i walkę z okupantem. Teresa Drohojowska (ur. 1920), która po ukończeniu gimnazjum w Nowym Targu, studiowała na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego w swoim domu oprócz punktu konspiracyjnego prowadziła tez punkt sanitarny. Po leki oraz środki opatrunkowe jeździła rowerem do Krościenka i Nowego Targu.
Podobnie jak w całym kraju okupant na terenie Czorsztyna wprowadzał terror. Okupanci wprowadzili od razu zarządzenia, które dotyczyły m.in. zdawania aparatów radiowych, noszenia przez Żydów opasek z gwiazdą czy pełnienia przez ochotniczą straż pożarną dyżurów nocnych we wsiach. Okupant wydał też zarządzenie dotyczące przekazywania do posterunków żandarmerii lub policji informacji o tym, co dzieje się nocami we wsi. Wprowadzono także godzinę policyjną. Jednym z pierwszych zarządzeń władz okupacyjnych było także powołanie wójtów oraz ustanowienie władz gminnych. W Czorsztynie władze gminne reprezentował Jan Kurowski.
Niemcy w Czorsztynie zajęli także na potrzeby wojska kilka przedwojennych willi. Na wiosnę 1942 roku na teren działania placówek pienińskich skierowane zostały oddziały Wehrmachtu. Do Czorsztyna przybyła kompania Luftwaffe, która kwaterowała w domach Kozickiej. Inne oddziały kwaterowały natomiast w willi „Zbyszek”. Latem 1942 w powiecie nowotarskim zakończono likwidację Żydów. Z placówek Sieci Żydów wywieziono do getta w Nowym Targu, gdzie po selekcji wysłano ich do obozów śmierci. Ze Szczawnicy w latach 1940-42 wywieziono około 350 Żydów, z Krościenka 282, z Czorsztyna 120.
Z Podhala do obozów koncentracyjnych wysłano ogółem około 120 osób związanych z dywersją, zajmujących się przerzutami granicznymi, aresztowanymi za słuchanie i rozpowszechnianie komunikatów radiowych z Londynu. Z Czorsztyna do obozów koncentracyjnych wysłano 40 mieszkańców, a 5 osób zostało zastrzelonych na granicy.
Okupacja niemiecka w Czorsztynie zakończyła się w listopadzie 1944 roku wraz z przybyciem wojsk radzieckich.
Wśród ofiar totalitaryzmu niemieckiego zamordowanych lub poddanych eksterminachji w obozach koncentracyjnych z terenu dzisiejszej Gminy Czorsztyn znaleźli się:
Drohojowski Stanisław
ur. 12.01.1885 r., Czorsztyn, zawód: inż. rolnik, numer obozowy: 499. Przybył do Auschwitz 14.06.1940 r. (pierwszy transport do Kl Auschwitz), zginął 12.03.1941 r. w KL Auschwitz
Jandura Andrzej, ur. 08.08.1910 r., Mizerna, zawód: pomocnik ślusarza, numer obozowy: 33234, przybył do Auschwitz 28.04.1942 r., zginął 22.6.1942 r. w KL Auschwitz
Sas Jakub, ur. 11.07.1916 r., Mizerna, zawód: rolnik, numer obozowy: 113424, przybył do Auschwitz 10.04.1943 r., przeniesiony w 1944 r. do KL Buchenwald, przeżył
Tkaczyk Wincenty, ur. 22.01.1911 r., Sromowce Wyżne, zawód: urzędnik, numer obozowy: 27409, przybył do Auschwitz 28.03.1942 r., zginął 13.05.1942 r. w KL Auschwitz
Zimmmer Feliks, ur. 12.10.1901 r., Sromowce Wyżne, zawód: nauczyciel, numer obozowy: 38071, przybył do Auschwitz 06.06.1942 r., zginął 25.07.1942 r. w KL Mauthausen
Zdjęcia więźniów: własność Archiwum Państwowego Muzeum Auschwitz-Brikenau
